水果保鲜库的机械除菌法是对发霉部分进行清洗和去除，也可与其它除菌方法结合使用。在机械霉变的方法中有一种空气洗涤的方法，这是在进气口安装了一个洒水器，空气通过水幕的循环和霉菌孢子的洗涤，这种方法就像目前的湿式冷却风扇，可以起到减少霉菌的作用。
1. 乳酸法
是一种可靠的除菌、杀菌、除臭的消毒方法。使用的方法是首先明确仓库，使用原油乳酸每立方米1毫升，加1 ~ 2部分的水每一部分的乳酸，把混合物放在搪瓷盆，放置在电炉加热蒸发，一般要求控制在半小时内液体蒸发3小时左右。其次关闭电炉、气密仓门达6 ~ 24小时左右，使乳酸充分与细菌或霉菌作用，以达到消毒的目的。经过我国“灭霉防毒试验组”的试验证明。1毫升/立方米乳酸消毒剂对库房的除菌灭菌有一定效果，消毒后库房细菌减少70%，霉菌减少70%。
2. 二氧化碳法
不杀死任何浓度的霉菌，只能减慢霉菌的生长。当室内空气中二氧化碳浓度在0℃达到40%时，霉菌完全停止生长。但是当它在空气中的浓度超过20%时，由于变性血红蛋白的形成，它会使肉变色。一般认为，在0℃时，当室内二氧化碳浓度为10%时，冷冻肉在冰箱中的贮藏寿命可延长一倍以上。
3. 臭氧法
是一种很好的方法，它可以杀菌和除臭。这样，臭氧发生器应该用来把空气中的两个氧原子分解成两个臭氧原子。形成的臭氧以1 ~ 3mg/m的浓度进入冷库。但臭氧是一种强氧化剂，它会使瘦肉褪色和脂肪氧化，同时臭氧对人的粘膜有刺激，所以使用时应注意。
4. 甲醛法
这个方法可以解毒也可以杀菌，但是福尔马林气味很大，如果被肉吸收不能食用，同时福尔马林对人很刺激，使用时要注意安全。这种方法应用于清空库房，清理，一般使用15毫升福尔马林每立方米。将福尔马林转化为蒸汽有两种方法。一种是把福尔马林放在一个密封的桶里，用管道输送到一个冷藏库。一是将福尔马林放在开罐的冷库中，由操作人员放入适量的锰酸钾或石灰，然后加入一些水，当气体发生时，人员出去关门。用甲醛蒸气消毒几小时后，再用氨水放在室内吸收甲醛气味，即通过通风消毒完成。
５. 漂白粉法
是用4%的漂白剂溶液擦洗，消毒效果好。如果在5份漂白剂中加入7份石碱效果较好，则需消毒几小时以透气。
6. 氟化钠法
将2%的氟化钠和20%的高岭土混合涂墙，在0℃下可无霉菌1 ~ 2年。
7. 羟基二苯钠法
用2%羟基二苯钠溶液除去霉菌。这种方法不将异味传递给肉类，也不会腐蚀器皿，而是在油漆中起到很好的保护作用。