常用的蔬菜保鲜冷库的除菌方法有三种：机械除菌法、物理除菌法和化学除菌法。
冷库物理除菌法：采用温度、湿度、紫外线、高频电、铜丝网过滤器除菌。模具生长温度一般在-6 ~ 40℃之间，由于这个原因，模具在冷库中很少生长，使用热碱性水也可以杀死模具上的工具设备。模具的生长和温度是非常重要的，所以温度控制只能适当使用。用紫外线是一种较好的除霉方法，它既能杀菌，又能除霉，还具有一些除臭效果。
但是，这只能对直接辐照的部分起作用。一般来说，如果在2米的范围内照射6小时，每立方米0.33至3瓦的紫外线辐射就能杀死微生物。然而，紫外线的作用受到温度和湿度的影响。温度越接近微生物正常生长温度，湿度越大，杀菌除菌能力越强。紫外线会促进脂肪的氧化，所以使用时要注意。铜网过滤器是由铜丝制成的网，放置在逆风处以杀死一些霉菌。
冷库化学除菌方法有乳酸、二氧化碳、臭氧、甲醛、漂白粉、氟化钠、羟基双酚钠等。
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